Disponível em duas versões sempre com caixa automática, a Toyota pondera lançar uma versão do Supra com caixa manual. Ainda assim, não se sabe em que motor tal poderá acontecer.
Existem várias especulações, será no motor de 3 litros, no bloco de 2 litros ou ainda numa futura versão de topo GRMN que vai ter o motor do futuro BMW M3 que terá mais de 500 CV.
A inclusão de uma versão manual no GR Supra não constituirá de todo uma surpresa, caso se venha a concretizar, uma vez que a Toyota testou protótipos com essa configuração. Além disso, o BMW Z4, modelo que partilha vários componentes com o Supra, tem uma opção manual na base da gama, em associação com um motor de quatro cilindros.